0–linux下安装conda

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  • 下载
  1. 浏览器搜索“miniconda”网站,复制python3.7对应的版本下载链接;
    [https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh]


image.png

  1. Linux下,输入 wget 和链接,回车下载:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  1. 下载完成后安装:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

按提示操作,有需要的地方输入yes;

  1. 激活conda:
source ~/.bashrc
  1. 测试是否安装成功:输入conda会出现参数等信息,说明成功;
  • 添加国内镜像
    加速conda下载速度,使用国内镜像源:
  1. 中国科大开源镜像站(mirrors.ustc.edu.cn),复制粘贴输入以下代码
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
  1. 清华镜像站(mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn),复制粘贴输入以下代码
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
  • 使用conda
  1. 查看当前所有软件列表,命令: conda list
  2. 搜索软件命令: conda search 软件名
    例fastqc : conda search fastqc
  3. 安装软件,命令: conda install fastqc -y
    参数 -y 是自动安装
    可安装指定版本,默认安装最新版本
  4. 卸载软件,命令: conda remove fastqc -y
  • conda环境
  1. 查看当前conda有哪些环境,命令:conda info –envs
    前面带*的就是默认的


    image.png

  2. 新建立conda环境,然后指定python版本是3:
    conda create -n ChIP-seq python=3
    如果想要将conda更新至新版本:

conda update -n base -c defaults conda

environment location: /data/xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq

  1. 激活新的conda环境:
    source activate ChIP-seq
    这时默认的*就会转移到ChIP-seq前面,用户名root前面出现了(ChIP-seq);
  2. 安装软件fastqc、trimmomatic,可以和建立环境一起进行:
    conda create -n ChIP-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  3. 卸载某环境中的软件
    conda remove -n ChIP-seq fastqc -y
  4. 卸载环境(全部卸载)
    conda remove -n ChIP-seq –all
  5. 退出当前环境
    source deactivate

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