docker学习记录(三):docker容器内安装HiC-Pro

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1、首先将下载好的HiC-Pro文件夹,由本地复制到容器内:docker cp 本地路径 容器长ID:容器路径 。。(容器长ID可通过:docker inspect ‘容器名’    获得)

2、打开容器:docker exec -it 5267e5c /bin/bash

3、根据HiC-Pro的install文件安装其依赖环境包,因为是基础镜像,所以下载软件较多。apt-get直接安装的有bowtie2、samtools等

4、同时还需要R,安装前先更新:apt-get update

之后可以安装r-base:apt-get install base,不过此方式安装的R为3.4.4版本

5、安装install文件中提到的R和python依赖包:

进入R安装三个依赖包,

>install.packages(“ggplot2”)      >install.packages(“RcolorBrewer”)     >install.packages(“grid”)

python包可以在终端使用 pip 直接进行安装:

pip install bx-python/numpy/scipy/pysam/argparse      共5个依赖包(一般自动下载的版本号符合要求)

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