“抗击”新型肺炎!阿里达摩院研发AI算法,半小时完成疑似病例基因分析

利用技术辅助抗击疫情,阿里巴巴、百度等科技巨头各显身手。

此前,AI科技大本营采访报道了阿里达摩院《数十名工程师作战5天,阿里达摩院连夜研发智能疫情机器人》一文,后者为了解决客服人力不足的局面,快速响应政府需求开发相应产品。

1月29日,阿里云宣布开放一切AI算力,将与合作机构向全球科学共同体免费开放相关药物研发资源,共同加速针对新型冠状病毒的药物研发。

基于阿里云提供的强大AI算力,可以帮助科研机构缩短研发周期,支持病毒基因测序、新药研发、蛋白筛选等工作。

很快,新成果再度宣布。2月1日,由浙江省疾病预防控制中心、阿里达摩院医疗AI团队和杰毅生物技术公司共同研发的自动化的全基因组检测分析平台上线浙江省疾控中心,该平台将在浙江大规模应用。

其中,针对新型冠状病毒的AI诊断技术,阿里达摩院研发了AI算法,可将原来数小时的疑似病例基因分析缩短至半小时,大幅缩短确诊时间,并能精准检测出病毒的变异情况。当然,该平台同样有基于阿里云的算力为病毒解析提供支撑。

达摩院算法专家顾斐博士在疾控中心设置基因检测分析参数

公开信息显示,该病毒是基因组序列最长的病毒之一,全基因组序列全长29847bp,临床诊断需要将患者样本与该病毒基因序列进行比对才能确定诊断结果。

另一方面,根据阿里方面提供的资料,目前医院普遍采用核酸检测方法,其只能检测到病毒基因的局部。而由于病毒存在变异的可能性,对于整个基因序列来说这种检测方法犹如盲人摸象,一旦病毒发生变异,就可能出现漏检的情况。

当前,全国新型冠状病毒肺炎疫情依然严峻,快速、精确诊断对于疫情控制尤其重要。

而此次研发的自动化全基因组检测分析平台采用不同于核酸检测方法的全基因组检测技术,对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列分析比对,能够有效防止病毒变异产生的漏检,并将原需数小时的全基因分析流程减少到半小时,大幅提高疑似病例的确诊速度和准确率。

阿里方面称,疫情发生后,达摩院算法专家顾斐博士第一时间针对新型冠状病毒基因进行特征分析,并推出多个算法模型。在序列比对过程中,达摩院对算法增加了分布式设计,有效提升比对效率;在病毒序列拼接阶段使用分布式设计的de Bruijn图算法,变异病毒也能精准检测。

浙江省疾控中心基因测序负责人孙逸博士表示,基于该平台,未来还可以在短时间内将检测范围覆盖整个确诊病例,也为后续疫苗与药物研发打下基础。

https://juejin.im/post/5e366df051882536ca6679f8

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